Sembiotics
Die Anfang 2004 begonnene Promotion zum Thema "Formale Semantik von dynamischen Modellen" biologischer Phänomene wurde im Berichtszeitraum fortgesetzt. Das interdisziplinäre Promotionsvorhaben wird weiterhin von Prof. Dr. Clemens Beckstein (Künstliche Intelligenz) und Dr. Peter Dittrich (Systembiologie) betreut. Im Zeitraum von März bis September 2007 wurde eine Kooperation mit Nicolas Le Novere am EBI in Hinxton/Cambridge, Großbritannien durchgeführt.
Bis Ende März 2007 bestand eine Förderung des Promotionsvorhaben durch ein Promotionsstipendium der Rosa-Luxemburg-Stiftung (RLS). Die maximale Förderdauer von drei Jahren wurde damit vollständig ausgenutzt. Von Mitte März bis Mitte September 2007 wurde das Vorhaben durch das EMBL-EBI in Cambridge über ein Marie Curie Fellowship gefördert.
Im letzten Drittel des Jahres 2006 ergab sich eine zunehmende thematische Nähe zu einem in starker Entwicklung befindlichen Projekt, der BioModels Database. Um zu starke Überschneidungen der Arbeit mit diesem Projekt zu vermeiden und um eventuelle Synergie-Effekte zwischen beiden Projekten abzuschätzen, war eine stärkere Beschäftigung mit dem anderen Projekt notwendig. Gegen Ende 2006 ist Herr Knüpfer mit dem Leiter des Projektes, Nicolas Le Novère, in Kontakt getreten, um eine mögliche Zusammenarbeit auszuloten. Dabei wurde beschlossen, eine gemeinsame Kooperation aufzubauen. Im Rahmen dieser Kooperation konnte Herr Knüpfer für ein halbes Jahr in der Arbeitsgruppe von Novère (Computational Neurobiology Group) am EBI in Hinxton/Cambridge (Großbritannien) mitarbeiten. Die dortige Arbeit ermöglichte ihm die praktische Umsetzung der theoretischen Überlegungen seiner Promotion, eingebettet in ein großes internationales Projekt.
Während des Forschungsaufenthalts am EBI wurde von Herrn Knüpfer die Ontologie TEDDY (Terminology for the Description of Dynamics) für die Beschreibung des dynamischen Verhaltens von Bio- Modellen entwickelt und implementiert. Dabei bestand neben der Konzipierung und eigentlichen inhaltlichen Gestaltung der Ontologie (derzeit etwa 130 Konzepte) eine wesentliche Aufgabe darin, die notwendige Infrastruktur (Website, SourceForge-Projekt, Mailingliste, Term Request Tracker, Versionsverwaltung, ChangeLog) aufzubauen. Da abzusehen war, dass eine derart anspruchsvolle Ontologie in einem halben Jahr nur ansatzweise entwickeln werden kann, musste durch die entsprechende Infrastruktur eine vereinfachte Fortführung des Projektes gesichert werden.
Redaktion 